AIK:s tränare Rikard Norling försökte själv avstyra läktarbråken och fördömde fansens beteende vid mötet med Maribor.
AIK vann matchen på Friends med 3-2 men slovenska Moribor gick vidare efter sammanlagt 4-4 tack vare fler gjorda bortamål. Maribor vann hemmamatchen med 2-1 den 24 juli.
Uefa bekräftade böterna i ett mejl till Fotbollskanalen på fredagen. Böterna är uppdelade i två punkter. Ena boten på 82 000 euro, 879 288 kronor, gäller oroligheter på läktaren plus pyroteknikanvändning och inkastade föremål på Friends Den andra boten på 10 500 euro, 112 592 kronor, gäller pyroteknikanvändning och inkastade föremål från AIK-klacken i bortamatchen.
Norling kritisk mot klacken
Efter hemmamatchen kritiserade tränaren Rikard Norling AIK-fansen:
– Vi är en klubb tillsammans, det spelar ingen roll om man är på plan eller på läktaren och vi får inte göra såna saker, det är bara så, sa Norling, som gick bort till klacken och försökte avstyra oroligheterna.
Oroligheterna började med att en supporter från Maribor stal en banderoll av AIK:s klack. Ett stort antal AIK-are sprang utmed långsidan för att konfrontera den tillresta slovenska klacken för att ta tillbaka flaggan. AIK har meddelat att man inlett en internutredning för att granska sitt arrangemang.
Dubbla smällar för AIK efter 2-0-förlusten borta på torsdagskvällen mot Celtic i Europaleague-kvalet. Retur på Friends torsdagen den 29 augusti.